Ny bred genpanel förbättrar diagnostiken

Kunskapen inom genetisk diagnostik har exploderat de senaste åren. Från att bara kunna analysera enstaka gener har i dagarna en genpanel lanserats där 195 viktiga gener för blodcancersjukdomar kan analyseras.

"Den nya genpanelen möjliggör en bredare diagnostik där inte bara små mutationer kan upptäckas utan även strukturella avvikelser," säger Richard Rosenquist Brandell, ordförande för Genomic Medicine Sweden, GMS, professor vid Karolinska Institutet och överläkare i klinisk genetik vid Karolinska Universitetssjukhuset.

Genpanelen kommer att användas vid samtliga svenska sjukhuslaboratorier och är den första som utvecklats gemensamt inom landet.

 "Det här gör att vi kan förbättra diagnostiken och prognosbedömningen och se vilken behandling som passar bäst för den enskilda patienten. Förhoppningen är också att vi ska få en likvärdig diagnostik i hela landet," säger Richard Rosenquist Brandell.

Bättre riskindelning

Den breda genpanelen, som omfattar 195 gener, kan också upptäcka strukturella avvikelser som deletioner, vilket betyder att man kan se en eller flera förluster i en DNA-sekvens, samt amplifieringar, där en DNA-sekvens kopierats.

Den förädlade diagnostiken kommer att ge en bättre indelning av riskgrupper inom myeloiska blodcancersjukdomar, där de största grupperna är akut myeloisk leukemi (AML), myelodysplastiskt syndrom (MDS) och myeloisk neoplasi (MPN). Men även genpaneler för andra blodcancersjukdomar håller på att utvecklas och testas. Dessutom är en ny genpanel, som omfattar cirka 500 gener för solida tumörer för de stora cancerformerna och de vanligaste avvikelserna på gång.

Richard Rosenquist Brandell menar att när det gäller precisionsmedicin måste diagnostiken vara kopplad till befintlig behandling.

"Man behöver ha en bred genpanel för att hitta relevanta mutationer som är kopplade till målinriktad terapi. Vi analyserar därför gener som är kliniskt relevanta i genpanelerna vi utvecklar."

Samarbetar internationellt

För att lyckas i detta arbete är det nödvändigt att samarbeta både nationellt och internationell kring till exempel kliniska studier.

"Ett sådant samarbete är Cancer Core Europe som är ett samarbete mellan sju cancercentra i Europa och där Karolinska Institutet ingår. Samarbetet innebär bland annat att om vi hittar en patient i Stockholm med en särskild mutation och en patient i Cambridge har samma mutation så kommer dessa patienter att ingå i samma behandlingsarm. En liknande svensk studie, Megalit, startar nu i Uppsala och Göteborg.

För att kunna mäta effekten av en behandling måste man studera den individuellt, men analyserna måste samtidigt göras på gruppnivå," förklarar Richard Rosenquist Brandell.

Helgenomssekvensering för patienter med akut leukemi

Nyligen startade också en studie där man utvärderar helgenom- och RNA-sekvensering som den primära diagnostiska metoden för svenska patienter med akut leukemi. Tanken är att man ska kunna utvärdera sekvenseringsmetodernas potential och i en framtid ersätta befintliga diagnostiska metoder. Det skulle kunna förenkla det diagnostiska flödet och även resultera i bättre uppföljning av patienterna.

Studien är ett samarbete mellan GMS och bioteknikföretaget Illumina och omfattar 450 patienter, både vuxna och barn som diagnosticeras med akut leukemi i Sverige varje år. Under studietiden kommer alla patienter som diagnosticeras med dagens rutindiagnostik att tillfrågas om de vill delta i studien. Helgenom- och RNA-sekvenseringen kommer att utföras parallellt med befintliga kliniska diagnostiska analyser.

"Vi vill bland annat se om sekvenseringsmetoder hittar alla relevanta avvikelser i arvsmassan. Sekvensering av hela genomet gör att vi kan få detaljerad information från varje patient. Det gör det också möjligt att följa varje patient över tid för att se svar på behandling och risken för återfall," förklarar Richard Rosenquist Brandell, som leder studien.

Richard Rosenquist Brandell påpekar att när man har så avancerad diagnostik så måste man också få tillgång till relevant behandling.

"Förhoppningsvis leder studierna till att man kan visa på betydliga vinster med en behandling. Målet med precisionsdiagnostik och precisionsbehandling är att minska symptom och biverkningar och inte minst att öka överlevnaden hos patienterna," säger Richard Rosenquist Brandell.